代表：6-FAM、6-HEX、6-TET、6-ROX、6-TAMRA、6-JOE、Cy3、Cy5



应用方向与染料特性：

对于核酸标记来说，FAM 几乎是最常用的荧光染料，并且与多数荧光检测设备兼容。FAM 标记的产品在 pH 低于 7 的溶液中荧光会降低，通常用于 pH 值的范围是 7.5 - 8.5。

FAM 在 TaqMan 探针、分子信标和蝎形引物中常作为荧光报告基团，广泛应用于 real-time PCR；在该应用中，FAM 通常与淬灭基团 BHQ1 搭配。

FAM 还可以标记在核酸上形成杂交探针，用于原位杂交实验等。

5’ 端标记 FAM 的引物也可以作为 DNA 测序引物或 PCR 引物扩增得到荧光标记的 PCR 产物，应用于测序分析，基因分析（如扩增片段长度多态性，微卫星分型）等。

PS：很多人下单前会纠结 FAM 前面数字是 5 还是 6，实际上 6-FAM 和 5-FAM 互为异构体，在功能上没有明显区别。5-FAM 更先被合成出来，6-FAM 使用的更广泛，区别在于染料基团的连接位置不一样（C5 或 C6）。



应用方向与染料特性：

HEX 在 TaqMan 探针、分子信标和蝎形引物中常作为荧光报告基团，广泛应用在多种基于 real-time PCR 的检测实验（如 SNP 检测）中；在该应用中，HEX 通常与淬灭基团 BHQ1 搭配。

HEX 可以标记在核酸上形成杂交探针，用于原位杂交实验等。

5’ 端标记 HEX 的引物可用于片段分析、基因表达研究和基因分型研究等。



应用方向与染料特性：

TET 在 TaqMan 探针、分子信标和蝎形引物中常作为荧光报告基团，广泛应用于 real-time PCR；在该应用中，TET 通常与淬灭基团 BHQ1 搭配。

TET 可以标记在核酸上形成杂交探针，用于原位杂交实验等。

5’ 端标记 TET 的引物可用于片段分析、基因表达研究和基因分型研究等。



应用方向与染料特性：

ROX 是一种红色的荧光标记，常作为 TaqMan 探针和分子信标的报告基团，广泛应用在多种基于 real-time PCR 的检测实验（如 SNP 检测）中。在该应用中，ROX 通常与淬灭基团 BHQ2 搭配。

ROX 是活化酯形式，核酸序列上面需要先添加氨基 linker，才能将 ROX 连接到核酸上。

ROX 在荧光染料家族中对光漂白有比较强的抗性，同时在比较宽的 pH 范围内也较稳定。

PS：在多重 PCR 或 real-time PCR 中的 SYBR Green I 或 TaqMan 探针工作时，需要稳定的基线做为对照。ROX 通常用作被动参比染料对荧光强度进行标准化处理。在多重 PCR 中，通常选择 FAM, VIC, Texas red, CY5 这几种组合。



应用方向与染料特性：

TAMRA 原料是 NHS 酯形式，核酸末端添加时需要先添加氨基 linker，如果中间添加的话需要先添加氨基修饰的 dT，待合成完后再将 TAMRA 手动添加到序列末端。

TAMRA 是一种的黄橙色的荧光标记，可以有效的被 BHQ2 淬灭。此外，TAMRA 也是一种比较常用的荧光淬灭剂，但由于自身也会发出荧光，所以会产生比较高的背景值。

TAMRA 常和 FAM 一起构成双标探针，广泛用于 TaqMan probes, Scorpion primers 和 Molecular Beacons 中。

TAMRA 标记的核酸分子作为杂交探针广泛应用于诊断试验，以及 DNA、RNA、核酸蛋白复合物的结构研究等。



应用方向与染料特性：

JOE 常和 BHQ1 一起构成双标探针，广泛用于 TaqMan probes, Scorpion primers 和 Molecular Beacons。



应用方向与染料特性：

Cy3 是可溶于水的亮橙色染料，同时有单体以及活化酯形式，作为荧光标记可以添加到核酸的两个末端或者中间。

Cy3 标记的核酸广泛地用于原位杂交、DNA 测序实验中。

Cy3 常和 BHQ2 一起构成双标探针，广泛用于 TaqMan probes, Scorpion primers 和 Molecular Beacons 中。



应用方向与染料特性：

Cy5 是可溶于水的红色染料，作为荧光标记可以添加到核酸的两个末端或者中间。

Cy5 染料和多种荧光成像系统、荧光扫描仪和荧光读取器等兼容。Cy5 很难用裸眼观察，且不适合用汞灯激发，推荐使用具有激发光和远红外检测器的共聚焦显微镜。

Cy5 标记的核酸广泛地用于 real-time PCR, qPCR, FRET 以及荧光原位杂交实验中。

 

使用淬灭基团的优势：1. 较低的背景荧光值（高信噪比）；2. 适宜多重实验分析（源于淬灭基团没有二级荧光）；3. 容易合成（在 oligo 合成完脱保护阶段，淬灭基团比较稳定）。

代表：Dabcyl、BHQ1、BHQ2



应用方向与染料特性：

Dabcyl 是一种不发出荧光的淬灭基团，该基团对可见光谱范围内的蓝色到绿色荧光染料有很好的淬灭效果。

得益于拥有较高的信噪比，且在合成中可以保持相对稳定的状态，Dabcyl 基团被广泛地应用于 FRET probe 以及分子信标中。不过，后来被开发出的 BHQ 系列染料具有高消光系数和宽光谱重叠，Dabcyl 在大多数情况下已被 BHQ 系列染料替代。



应用方向与染料特性：

BHQ1 是一种不发出荧光的淬灭基团，对于黄绿色以及黄色的荧光染料有很好的淬灭效果。除了可以用作核酸相关的检测外，该探针还常常被用来进行核酸结构的分析。

BHQ1 作为暗淬灭团拥有较高的信噪比，易合成且结构稳定，被广泛地应用于 FRET probe、TaqMan 探针以及分子信标中。



应用方向与染料特性：

BHQ2 对于可见光谱范围内的黄橙色的荧光染料有很好的淬灭效果。

BHQ2 的特性与 BHQ1 相似，作为淬灭基团拥有较高的信噪比以及合成中相对稳定的优势广泛地应用于 FRET 探针、TaqMan 探针以及分子信标中，也可以用于核酸结构的研究。

安升达拥有十余年引物合成经验，修饰种类丰富，更多的修饰请期待下次介绍咯。
 



安升达双淬灭探针即将上线，双淬灭探针的双重保障，可有效降低本底信号，提高信噪比，是 ddPCR 的优质选择；同时该修饰可有效降低探针二级结构的影响，保证长链探针的使用效果；双淬灭探针在多重 qPCR 检测时，还可降低多通道检测中荧光信号的相互串扰。